Personeel en ouders van leerlingen van het Pleysier College kunnen invloed uitoefenen op een aantal beleidsmatige zaken van de school via de Medezeggenschapsraad (MR).
Als gelijkwaardige gesprekspartner van het College van Bestuur (CvB) heeft de MR op een aantal terreinen advies- dan wel instemmingsrecht, zoals regelgeving op het gebied van veiligheid, gezondheid en welzijn, het schoolplan, en andere zaken zoals omschreven in de Wet Medezeggenschap Scholen (WMS). Tevens is de MR een waardevolle bron van informatie voor de Raad van Toezicht (RvT). Individuele zaken worden niet door de MR behandeld. Zie hier voor nadere informatie.
Met ingang van schooljaar 2012-2013 is de structuur van de medezeggenschap aangepast. De medezeggenschap is voor een groot deel op niveau van de werkeenheid gelegd middels de inrichting van deelraden. Ook het Pleysier College Westerbeek kent een Deelraad. Hierdoor staat de medezeggenschap dichter bij de werkvloer.